São atribuições da Clínica:
a) Assegurar a assistência clínica, em regime de consulta externa e de internamento, aos reclusos que apresentem distúrbios do foro psiquiátrico;
b) Planificar, dirigir e realizar, nos estabelecimentos prisionais situados no Norte e no Centro do País, os estudos, acções e serviços necessários ao desenvolvimento de programas de prevenção, tratamento e reabilitação médica e psicológica dos detidos;
c) Proceder a estudos de investigação, por si ou em colaboração com outras instituições, na área da psiquiatria e da saúde mental, em geral, e na de psiquiatria penitenciária, em especial;
d) Propor e coordenar a formação do pessoal penitenciário na área da psiquiatria e saúde mental;
e) Prestar formação a médicos do internato complementar de psiquiatria e a estagiários desta área, nos termos fixados em despacho conjunto dos Ministros da Justiça e da Saúde;
f) Colaborar no ensino universitário, nas áreas de psiquiatria e de psiquiatria forense, nos termos a estabelecer por protocolos entre a Direcção-Geral dos Serviços Prisionais e os estabelecimentos universitários, a homologar pelos membros do Governo responsáveis pelas respectivas áreas;
g) Articular a sua actividade com os centros de saúde mental das Zonas do Norte e do Centro, criados pelo Decreto-Lei n.º 127/92, de 3 de Julho, para efeitos de cooperação técnica, designadamente com hospitais psiquiátricos e departamentos de psiquiatria e saúde mental dos hospitais centrais e distritais da respectiva zona, nos termos dos protocolos a celebrar entre a Direcção-Geral dos Serviços Prisionais e essas instituições, a homologar pelos membros do Governo responsáveis pelas respectivas áreas.