1 - O comandante é um vice-almirante ou tenente-general, designado, por despacho do membro do Governo responsável pela área da defesa nacional, sob proposta do CEMGFA, ouvido o CCEM, rotativamente de entre os ramos das Forças Armadas, para um mandato com a duração de três anos.
2 - O comandante é o órgão máximo de governo e de representação externa do IUM, nomeadamente nos organismos com atribuições no âmbito do ensino superior.
3 - O comandante dirige as atividades do IUM e responde pelo cumprimento da respetiva missão, competindo-lhe, em especial:
a) Convocar e presidir o conselho diretivo e os órgãos de conselho;
b) Elaborar e apresentar ao conselho geral, para efeitos de emissão de parecer:
i) As propostas de plano estratégico de médio e longo prazo;
ii) As linhas gerais de orientação do IUM, no plano científico, pedagógico e patrimonial;
iii) As propostas de alteração à estrutura orgânica do IUM.
c) Elaborar e apresentar ao conselho diretivo, em especial:
i) A proposta de plano operacional;
ii) A proposta de plano e relatório anuais de atividades;
iii) A proposta de orçamento e contas anuais consolidadas;
iv) As propostas para a criação, suspensão e extinção de cursos;
v) As propostas para a abertura dos concursos de admissão de alunos aos cursos do IUM, em coordenação com os ramos das Forças Armadas e a GNR, sem prejuízo das respetivas competências;
vi) A proposta para fixação das propinas, quando devidas pelos alunos;
vii) As propostas de medidas necessárias à garantia da qualidade do ensino e da ID&I;
viii) As propostas de criação, transformação ou extinção de unidades orgânicas de ensino e investigação;
d) Superintender na gestão da área académica, competindo-lhe, em especial:
i) Aprovar o plano estratégico de médio e longo prazo;
ii) Aprovar as linhas gerais de orientação do IUM, no plano científico, pedagógico e patrimonial;
iii) Aprovar o calendário anual de atividades, os planos de trabalhos escolares e os programas das diversas unidades curriculares, ouvidos os competentes órgãos de conselho;
iv) Propor as áreas de formação e as especialidades em que o IUM confere os graus académicos de licenciado e de mestre, as especialidades do ramo do conhecimento das ciências militares em que confere o grau académico de doutor, bem como as áreas de formação em que confere o diploma de técnico superior profissional (DTSP);
v) Propor, em articulação com os ramos das Forças Armadas e com a GNR, as áreas de formação em que confere o DTSP;
vi) Submeter os planos de estudos dos cursos ministrados e respetivas alterações;
vii) Adotar as medidas necessárias à garantia da qualidade nos domínios do ensino, da investigação, da gestão e da prestação de serviços à comunidade;
viii) Nomear os júris a que se referem os artigos 22.º e 34.º do Decreto-Lei n.º 74/2006, de 24 de março, alterado pelos Decretos-Leis n.os 107/2008, de 25 de junho, 230/2009, de 14 de setembro, e 115/2013, de 7 de agosto;
ix) Homologar as classificações dos graus académicos e diplomas conferidos.
e) Superintender na gestão de recursos humanos e na gestão administrativa e financeira do IUM, sem prejuízo das competências legais e regulamentares dos comandantes das unidades orgânicas autónomas;
f) Exercer as competências disciplinares ao nível do IUM;
g) Praticar os demais atos de gestão decorrentes da aplicação do presente Estatuto e necessários ao bom funcionamento dos serviços do IUM;
h) Outorgar ou celebrar protocolos de cooperação com instituições de ensino superior ou de investigação, bem como praticar os demais atos para tal necessários;
i) Autorizar a realização das despesas no quadro das suas competências próprias ou delegadas;
j) Aprovar a concessão de títulos ou distinções honoríficas;
k) Exercer as demais competências conferidas por lei ou as que lhe sejam delegadas.
4 - O comandante do IUM pode delegar nos comandantes e diretor das unidades orgânicas autónomas e nos titulares de órgãos que lhe estão diretamente subordinados a competência para a prática de atos relativos às áreas que lhes são funcionalmente atribuídas, bem como autorizar a subdelegação da mesma.