Compete ao Conselho de Coordenação Operacional:
a) Assistir e aconselhar o director nacional;
b) Elaborar e propor planos anuais de coordenação em matéria de criminalidade organizada e da criminalidade comum de maior repercussão social;
c) Propor orientações e directivas de carácter geral;
d) Avaliar periodicamente a relação e articulação recíproca entre a Polícia Judiciária e os órgãos de polícia criminal, os serviços aduaneiros e de segurança e propor as medidas tendentes a reforçar a eficácia no combate à criminalidade;
e) Elaborar e propor mecanismos de coordenação interna e externa;
f) Propor protocolos de cooperação;
g) Elaborar e propor planos de actuação conjunta e coordenada.