A Comissão do Património Cultural Subaquático tem a seguinte composição:
a) Um membro designado pelo Primeiro-Ministro, que presidirá;
b) Dois membros designados pelo membro do Governo responsável pela área da cultura, um dos quais será vice-presidente;
c) Dois membros designados pelo Ministro da Defesa Nacional, um dos quais será vice-presidente;
d) Um membro designado pelo Ministro das Finanças;
e) Um membro designado pelo Ministro do Planeamento e da Administração do Território;
f) Um membro designado pelo Ministro do Ambiente e Recursos Naturais;
g) Dois membros designados pelo Ministro do Mar, um dos quais será vice-presidente;
h) Um membro designado pelo Governo Regional dos Açores;
i) Um membro designado pelo Governo Regional da Madeira;
j) O presidente do Instituto Português do Património Arquitectónico e Arqueológico, ou seu representante;
l) O presidente do Instituto Português de Museus, ou seu representante;
m) O director do Museu Nacional de Arqueologia;
n) O director do Museu de Marinha.