As CCDR, I. P., têm por missão:
a) Definir e executar as respetivas estratégias de desenvolvimento regional;
b) Integrar e articular territorialmente políticas públicas indispensáveis à execução das políticas de desenvolvimento regional nos domínios do ambiente, cidades, economia, cultura, educação, saúde, ordenamento do território, conservação da natureza, e agricultura e pescas;
c) Assegurar o planeamento e a gestão da política de coesão no âmbito dos programas regionais, e dos programas de cooperação territorial europeia, enquadrados nos ciclos de programação das políticas da União Europeia, tendo em vista o desenvolvimento económico, social e cultural dos territórios que constituem as respetivas circunscrições;
d) Participar na formulação e execução das políticas públicas nas áreas da agricultura, do desenvolvimento rural e das pescas, apoiar os agricultores e as suas organizações e executar as ações necessárias no âmbito dos projetos de investimento apoiados por fundos públicos;
e) Participar na formulação e execução de outras políticas públicas, cujos serviços desconcentrados sejam integrados nas CCDR, I. P.;
f) Apoiar tecnicamente as autarquias locais e as suas associações;
g) Participar no planeamento das políticas públicas na área da educação e da formação profissional não superiores, nos seus diferentes níveis e modalidades, bem como acompanhar a organização e funcionamento das escolas, em estreita articulação com os municípios, as comunidades intermunicipais e os demais órgãos, serviços e organismos da área governativa da educação, ciência e inovação, de modo a promover o desenvolvimento e a consolidação da sua autonomia.
h) Participar no planeamento das políticas públicas na área da saúde, nomeadamente no planeamento regional de programas e planos de saúde pública, dos grandes investimentos em infraestruturas e em equipamentos médicos pesados, e nas iniciativas transfronteiriças na área da saúde.