1 - A DGTC é dirigida por um director-geral, coadjuvado por três subdirectores-gerais.
2 - A DGTC é constituída por departamentos de apoio técnico-operativo (DAT) e departamentos de apoio instrumental (DAI).
3 - São constituídos DAT nas seguintes áreas:
a) Parecer sobre a Conta Geral do Estado;
b) Controlo prévio;
c) Controlo concomitante;
d) Controlo sucessivo;
e) Consultadoria e planeamento.
4 - São departamentos de apoio instrumental:
a) O Departamento de Gestão Financeira e Patrimonial (DGFP);
b) O Departamento de Gestão, Capacitação e Desenvolvimento de Recursos Humanos (DRH);
c) O Departamento de Sistemas e Tecnologias de Informação (DSTI);
d) O Departamento de Arquivo, Documentação e Informação (DADI);
e) A Secretaria do Tribunal;
f) (Revogada.)
5 - Os DAT e as respectivas unidades (UAT) são constituídos segundo as competências de cada secção do Tribunal, segundo áreas de especialização ou em função das áreas de responsabilidade dos juízes.
6 - A competência material, a organização e o funcionamento dos departamentos são definidos por regulamento interno, aprovado por despacho do Presidente, sob proposta do director-geral, e, no que respeita aos DAT, com observância dos programas de fiscalização e controlo e das linhas gerais de organização e funcionamento aprovadas pelo plenário geral.
7 - Os departamentos de apoio técnico-operativo e os departamentos de apoio instrumental são dirigidos, respetivamente, por auditores-coordenadores e por diretores de departamento, coadjuvados, conforme os casos, por auditores-chefes e por chefes de departamento.
8 - A solicitação do Ministério Público, o director-geral destacará pessoal para assegurar o apoio técnico e administrativo à preparação e instrução dos processos de efectivação de responsabilidade.
9 - Por despacho do Presidente, sob proposta do director-geral, sempre que o volume do serviço ou o carácter especializado das matérias o justifique, podem ser criados, mediante restruturação ou reconversão dos existentes, outros departamentos de apoio instrumental.