1 - O órgão de auditoria é responsável pela realização de auditorias aos sistemas, auditorias às operações e auditorias às contas, com o objetivo de fornecer uma garantia independente à Comissão Europeia quanto ao bom funcionamento dos sistemas de gestão e de controlo e à legalidade e regularidade das despesas incluídas nas contas apresentadas, enquanto autoridade de auditoria, nos termos previstos, designadamente, no Regulamento (UE) 2021/1060, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 24 de junho de 2021.
2 - A função de auditoria integra:
a) A Inspeção-Geral de Finanças (IGF), enquanto autoridade de auditoria única para o FEDER, incluindo nos programas do objetivo cooperação territorial europeia para os quais esteja designada o FSE+, o FC, o FTJ, o Programa FAMI e o FEAMPA;
b) As estruturas segregadas de auditoria da Agência, I. P., e do IFAP, I. P., respetivamente para o FEDER, o FSE+, o FC, o FTJ e o Programa FAMI, e para o FEAMPA, que executam as auditorias em operações, em articulação com a autoridade de auditoria única.
3 - Compete à IGF, enquanto autoridade de auditoria:
a) Elaborar a estratégia de auditoria;
b) Verificar a conformidade do funcionamento do sistema de gestão e controlo dos programas;
c) Garantir a realização de auditorias aos sistemas de gestão e controlo, bem como assegurar a execução de controlos sobre operações;
d) Elaborar os relatórios anuais e final de controlo e emitir opinião anual e final de controlo;
e) Assegurar que as autoridades de gestão e os órgãos de certificação recebem todas as informações necessárias sobre as auditorias e controlos efetuados;
f) Contribuir para a capacitação das autoridades de gestão e dos órgãos de certificação, no âmbito das suas competências e sem prejuízo do respeito por uma adequada segregação de funções;
g) Emitir parecer anual sobre a fiabilidade das contas e a legalidade e a regularidade das despesas cujo reembolso seja pedido à Comissão Europeia, bem como sobre o funcionamento dos sistemas de controlo estabelecidos;
h) Supervisionar o trabalho realizado pelas estruturas segregadas de auditoria;
i) Assegurar que as auditorias das operações a realizar, designadamente pelas estruturas segregadas de auditoria, são realizadas com base em amostra apropriada e suficiente, segundo normas técnicas e metodológicas internacionalmente aplicáveis, que garanta a necessária representatividade ao nível dos programas e assegure uma proporcionalidade adequada na extrapolação de resultados;
j) Efetuar a avaliação ex ante das metodologias de opções de custos simplificados definidas ao abrigo das alíneas a), c) e d) do n.º 3 do artigo 53.º do Regulamento (UE) 2021/1060, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 24 de junho de 2021.
4 - Compete ainda à autoridade de auditoria, no cumprimento do disposto no Regulamento (UE) 2021/1060, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 24 de junho de 2021, coordenar o tratamento da informação relativa às comunicações de irregularidades e exercer as demais competências decorrentes da respetiva designação como serviço de coordenação antifraude (AFCOS), previsto no Tratado sobre o Funcionamento da União Europeia.
5 - A autoridade de auditoria garante a conformidade do trabalho de auditoria com as normas de auditoria internacionalmente aceites.
6 - Para efeitos do disposto no n.º 4, incumbe à autoridade de auditoria:
a) Centralizar as informações relativas a irregularidades detetadas;
b) Promover as ações de articulação que se revelem necessárias;
c) Elaborar, com a colaboração dos restantes intervenientes, as instruções e normas tendentes a um tratamento uniforme das informações referidas na alínea a);
d) Assegurar a cooperação entre as administrações nacionais, as autoridades responsáveis pelas investigações e as autoridades judiciárias, assim como entre estas autoridades e o Organismo Europeu de Luta Antifraude (OLAF), em casos de suspeita de fraudes e irregularidades que afetem os interesses financeiros da União Europeia;
e) Acompanhar as investigações e verificações in loco do OLAF, assim como assegurar a implementação das recomendações deste organismo;
f) Liderar a elaboração, a coordenação e a implementação da estratégia nacional antifraude.
7 - Sempre que for considerado adequado, a autoridade de auditoria institui procedimentos específicos para o tratamento das informações e acompanhamento dos processos relativos às irregularidades detetadas, com vista ao integral cumprimento das obrigações decorrentes da aplicação da regulamentação referente à comunicação de irregularidades à Comissão Europeia.
8 - O exercício das funções de auditoria não é delegável.
9 - Sem prejuízo do disposto no número anterior, os órgãos de auditoria podem recorrer à aquisição de serviços de auditoria externa, designadamente através da celebração de acordo quadro a realizar pela autoridade de auditoria, precedida de concurso limitado por prévia qualificação nos termos do Código dos Contratos Públicos.
10 - Sempre que as auditorias sejam efetuadas por entidades contratadas, compete aos órgãos de auditoria garantir que as suas estruturas têm a independência operacional necessária ao exercício isento das funções para as quais sejam contratadas.
11 - Os encargos com as aquisições de serviços referidas n.º 9 são objeto de cofinanciamento no âmbito do programa de assistência técnica, sem prejuízo da aplicação das regras gerais de elegibilidade.