1 - As estruturas segregadas de auditoria integram a estrutura orgânica, respetivamente, da Agência, I. P., e do IFAP, I. P., no respeito pelo princípio da independência e pela salvaguarda de conflitos de interesses com o exercício das restantes atribuições daqueles organismos, designadamente as relativas à certificação de despesa.
2 - As estruturas segregadas de auditoria são responsáveis pela execução das auditorias em operações e asseguram:
a) A formulação dos planos anuais de auditoria a operações, incluindo a elaboração das respetivas amostras, de acordo com os parâmetros definidos pela autoridade de auditoria;
b) A realização de auditorias a operações, com meios próprios, ou com recurso a auditores externos;
c) A realização de ações de controlo cruzado, junto de outras entidades envolvidas, para terem acesso às informações consideradas necessárias ao esclarecimento dos factos objeto da auditoria.
3 - As estruturas segregadas de auditoria são independentes de todas as restantes unidades respetivamente da Agência, I. P., e do IFAP, I. P., e operam segundo linhas de reporte próprias ao respetivo conselho diretivo, bem como através de articulação direta do dirigente da estrutura segregada também com a autoridade de auditoria nos planos técnico e metodológico.
4 - Os técnicos que representem as estruturas segregadas de auditoria, sempre que tal seja necessário ao exercício das suas funções e para além de outros previstos na lei, gozam dos seguintes direitos e prerrogativas:
a) Aceder aos serviços e instalações das entidades objeto de auditoria;
b) Utilizar as instalações das entidades objeto de auditoria e obter a colaboração de trabalhadores e restante pessoal que se mostre indispensável para o exercício das suas funções;
c) Corresponder-se com quaisquer entidades públicas ou privadas sobre assuntos de interesse para o exercício das suas funções, ou para a obtenção dos elementos que se mostrem indispensáveis;
d) Proceder ao exame de quaisquer elementos em poder, designadamente, de serviços e organismos da Administração Pública e de empresas públicas ou privadas, ou aí garantir que aqueles lhe sejam facultados, quando os mesmos se mostrem indispensáveis à realização das suas funções.