A actuação do INIA assenta numa gestão por objectivos e adequado controle orçamental e é disciplinada pelos seguintes instrumentos:
a) Planos de actividade anuais e plurianuais, com definição dos objectivos e correspondentes planos de acção, devidamente quantificados;
b) Orçamento anual elaborado com base no respectivo plano de actividades e com os desdobramentos internos que permitam a desconcentração de competências e adequado controle de gestão;
c) Sistema de informação integrado, de gestão, com indicadores periódicos, que permita o acompanhamento e avaliação das actividades desenvolvidas e a introdução de correcções em tempo oportuno, sempre que necessário;
d) Relatório anual de actividades, a elaborar até final do 1.º trimestre do ano seguinte;
e) Conta de gerência e relatório financeiro, a elaborar nos prazos legais.