1 -São órgãos da APA, I. P.:
a)O conselho directivo;
b)O fiscal único;
c)O conselho consultivo;
d)Os conselhos de região hidrográfica.
2 -Funciona junto da APA, I. P., a estrutura de coordenação e acompanhamento da Estratégia Nacional para os Efluentes Agropecuários e Agroindustriais (ENEAPAI).