Os serviços das CCDR são organizados em função das seguintes áreas funcionais:
- a)Assessoria e coordenação;
- b)Gestão administrativa e financeira;
- c)Vigilância e fiscalização;
- d)Gestão ambiental e de recursos hídricos;
- e)Planeamento e desenvolvimento regional;
- f)Apoio à administração local;
- g)Ordenamento do território, conservação da natureza e gestão do litoral;
- h)Sistemas de informação e cartografia.