À Divisão de Epidemiologia compete:
- a)Estudar a evolução epidemiológica das doenças infecto-contagiosas e parasitárias;
- b)Elaborar e coordenar os planos de epidemiovigilância;
- c)Organizar e determinar as medidas sanitárias de emergência - planos de alerta - e promover acções de simulação;
- d)Organizar o parque de material sanitário, mantendo-o operacional tendo em vista acções de emergência;
- e)Organizar e manter actualizada a lista das doenças de declaração obrigatória, assegurando a sua notificação às entidades nacionais e internacionais;
- f)Organizar e tratar a informação relativa à saúde animal, através de uma base de dados nacional (PISA - Programa Informativo de Saúde Animal).