O CNANS exerce as competências do IPA em toda a actividade relacionada com a arqueologia náutica e a arqueologia em meio subaquático, competindo-lhe, nomeadamente:
- a)Promover a salvaguarda, estudo e valorização dos bens arqueológicos náuticos e subaquáticos, móveis e imóveis, classificados ou em vias de classificação, bem como os não classificados, situados ou não em reservas arqueológicas de protecção, designadamente através de acções e programas a desenvolver por imperativos de emergência, de ordem preventiva e de acompanhamento, ou com vista à verificação, caracterização e avaliação de descobertas fortuitas, oficialmente declaradas ou não, ou ainda através de projectos fundamentados no seu manifesto e prioritário interesse para o avanço dos conhecimentos sobre o património cultural náutico e subaquático nacional;
- b)Fiscalizar e acompanhar tecnicamente a realização de trabalhos arqueológicos no seu âmbito;
- c)Promover e apoiar a realização da carta arqueológica do património náutico e subaquático nacional, no âmbito da carta arqueológica de Portugal, centralizando os respectivos dados;
- d)Recolher e promover as medidas necessárias à conservação de achados arqueológicos fortuitos e de todos os bens arqueológicos provenientes de acções, programas e projectos promovidos ou realizados sob a sua responsabilidade, ou propor o seu local de recolha e depósito transitórios.