O contrato-programa anual do CRI é negociado pelo seu conselho de gestão no âmbito do processo de contratualização interna com o conselho de administração da entidade do SNS, que a subscreve com o diretor do CRI, e compreende:
- a)Os princípios gerais de atuação;
- b)As disposições legais e contratuais aplicáveis, nomeadamente as respeitantes à regulação do acesso e à gestão de atividade assistencial contratada;
- c)Os objetivos operacionais, as medidas a implementar e os parâmetros para a avaliação dos resultados a alcançar;
- d)A indicação da produção contratada, incluindo a componente da produção base e da produção adicional, quando aplicável;
- e)A previsão da estrutura de despesas e receitas do CRI;
- f)O plano anual de investimentos, o plano de formação e os projetos de investigação a desenvolver.