A organização interna das CCDR obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)O modelo de estrutura matricial é aplicado na área de apoio técnico à actividade desenvolvida pelo Conselho de Coordenação Intersectorial no âmbito da sua competência, bem como no desenvolvimento de projectos transversais da CCDR;
- b)Nas restantes áreas de actividade, é aplicado o modelo de estrutura hierarquizada.