Compete ao presidente do conselho diretivo, sem prejuízo das competências que lhe sejam conferidas por lei ou que nele sejam delegadas ou subdelegadas:
- a)Coordenar as negociações das intervenções dos fundos da política de coesão, bem como os contactos técnicos respetivos com a Comissão Europeia;
- b)Representar a Agência, I.P., na Comissão Interministerial para os Assuntos Europeus;
- c)Exercer as competências inerentes ao cargo de presidente da Comissão de Acompanhamento do FC II;
- d)Exercer as funções de gestor dos PO de Assistência Técnica do FEDER e do FSE no âmbito do QREN e do PO que lhes suceder.