A organização interna da SGMJ obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de atividade que prosseguem as atribuições previstas nas alíneas a) a m) do n.º 2 do artigo 2.º, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Na área de atividade que prossegue a atribuição prevista na alínea n) do n.º 2 do artigo 2.º, o modelo de estrutura matricial.