Os órgãos de governação do PEN e dos Programas são os seguintes:
- a)Órgão de coordenação estratégica interministerial;
- b)Órgão de coordenação nacional do FEADER;
- c)Órgãos de gestão;
- d)Órgãos de acompanhamento;
- e)Organismo pagador;
- f)Organismo de certificação.