A Polícia Judiciária Militar é dirigida por um director, equiparado a director-geral, ao qual compete, em geral, exercer as competências que lhe são conferidas por lei e em especial:
- a)Orientar e coordenar superiormente a Polícia Judiciária Militar;
- b)Orientar a elaboração do orçamento da Polícia Judiciária Militar e dirigir a sua execução;
- c)Propor ao Ministro as medidas adequadas ao funcionamento dos serviços e prestar as informações e os pareceres que aquele lhe solicitar;
- d)Apresentar ao Ministro, até 31 de Março de cada ano, o relatório anual da Polícia Judiciária Militar;
- e)Corresponder-se directamente com quaisquer entidades, em matérias do interesse da Polícia Judiciária Militar;
- f)Prestar as informações de serviço do pessoal militar e homologar as do pessoal civil.