O Conselho tem a seguinte composição:
- a)Um presidente, designado pelo Conselho de Ministros;
- b)Entre cinco e oito elementos a designar pelo Conselho de Ministros, sendo um indicado pelo Ministério do Ambiente;
- c)Um elemento a designar, respectivamente, pelo Governo Regional dos Açores e pelo Governo Regional da Madeira;
- d)Três elementos a designar pelas associações de defesa do ambiente;
- e)Dois elementos a designar pela Associação Nacional dos Municípios Portugueses;
- f)Dois elementos a designar pelas associações industriais;
- g)Dois elementos a designar pelas associações comerciais;
- h)Dois elementos a designar pelas associações de agricultores;
- i)Dois elementos a designar pelas associações sócio-profissionais da área do ambiente;
- j)Dois elementos a designar pelas organizações sindicais;
- l)Dois elementos a designar pelo Conselho de Reitores;
- m)Três elementos cooptados pelo Conselho de entre personalidades de reconhecido mérito na área do ambiente, nos termos do regulamento interno do Conselho.