A execução e gestão do PCEDA compete:
- a)À Direção-Geral de Alimentação e Veterinária (DGAV);
- b)Ao Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (INIAV);
- c)Aos laboratórios de diagnóstico regionais, aos laboratórios das organizações dos produtores pecuários e aos laboratórios privados (laboratórios de diagnóstico);
- d)Aos médicos veterinários.