A gestão financeira e patrimonial do INFARMED, bem como a sua administração, são orientadas pelos seguintes princípios:
- a)Gestão por objectivos e correspondentes planos de acção, devidamente orçamentados e formalizados em planos de actividades anuais e plurianuais;
- b)Controlo orçamental e financeiro dos resultados;
- c)Sistema de informação integrada de gestão desconcentrada e difusão das informações necessárias à elaboração dos programas e à sua corecta execução.