A organização interna da DGE obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas da conjuntura macroeconómica, estatísticas de comércio internacional, estudos setoriais, avaliação das políticas públicas, planeamento estratégico e política económica, gestão de projetos e instrumento de assistência técnica da Comissão Europeia, o modelo de estrutura matricial.
- b)Nas demais áreas de atividade, o modelo de estrutura hierarquizada.