O Secretariado Permanente do Gabinete Coordenador de Segurança funciona sob a coordenação do Secretário-Geral do Sistema de Segurança Interna e é constituído por oficiais de ligação da Guarda Nacional Republicana, da Polícia de Segurança Pública, da Polícia Judiciária, do Serviço de Estrangeiros e Fronteiras, do Serviço de Informações Estratégicas de Defesa, do Serviço de Informações de Segurança, da Autoridade Marítima Nacional, do Sistema da Autoridade Aeronáutica, do Sistema Integrado de Operações de Protecção e Socorro e da Direcção-Geral dos Serviços Prisionais.