A CIAE pode, em razão da matéria, instituir:
- a)Subcomissões especializadas, a nível político e técnico, integrando representantes dos diferentes ministérios e órgãos de governo das Regiões Autónomas, para coordenar, em função da evolução da agenda europeia, a posição nacional sobre as principais políticas da União Europeia;
- b)Grupos de trabalho de âmbito temático, nos quais podem ter assento participantes convidados em função do seu nível de especialização técnica ou da sua relevância para o tema em debate.