O DAA tem por finalidade promover, realizar e coordenar estudos no domínio dos ecossistemas marinhos, estuarinos e lagunares costeiros que permitam um conhecimento aprofundado dos factores que condicionam as modificações desse meio, numa perspectiva de optimização do uso do espaço marítimo e dos recursos, e ainda contribuir para o melhor ordenamento da zona litoral marítima, incumbindo-lhe:
- a)Realizar estudos no campo da oceanografia de pescas (física, química e biológica) e climatologia marinha no sentido de conhecer e descrever as características e processos oceanográficos que mais se relacionam com a dinâmica dos recursos marinhos, incluindo a fase não explorada do seu ciclo de vida;
- b)Estudar os impactes provocados nos diferentes níveis da cadeia trófica por alterações naturais e antropogénicas;
- c)Desenvolver estudos no âmbito da biogeoquímica e dinâmica sedimentar que possam servir de suporte científico ao ordenamento costeiro;
- d)Monitorizar e avaliar o estado de contaminação por produtos de origem natural ou antropogénica dos recursos haliêuticos, de modo a prever e minorar os seus efeitos e verificar a qualidade daqueles;
- e)Promover estudos de interacção da actividade aquícola com o meio ambiente;
- f)Colaborar na classificação ecológica de zonas estuarinas, lagunares e costeiras;
- g)Participar no estudo e desenvolvimento de modelos dinâmicos de gestão dos ecossistemas marinhos.