O DAQ tem por finalidade a investigação, desenvolvimento tecnológico e experimentação em aquicultura, nomeadamente nos domínios da sanidade, reprodução, nutrição e zootecnia, relativa a espécies aquícolas com interesse económico, incumbindo-lhe:
- a)Proceder à identificação de zonas de aptidão para os diferentes tipos de aquicultura, tendo em vista a optimização do seu aproveitamento;
- b)Realizar estudos no campo da reprodução de espécies marinhas, tendo em vista uma maior produtividade das espécies consideradas prioritárias;
- c)Efectuar estudos sobre a nutrição das diversas fases de desenvolvimento das espécies objecto de cultivo;
- d)Identificar e controlar os processos patológicos que afectam as espécies cultivadas, procedendo ao rastreio hígio-sanitário nas explorações e em populações selvagens;
- e)Proceder, em conjunto com outros departamentos e outras entidades, ao diagnóstico das mortalidades maciças de espécies aquáticas no meio natural, nomeadamente as relacionadas com a degradação do ambiente aquático;
- f)Contribuir para o desenvolvimento do sector, através de acções conjuntas de apoio técnico.