Os centros regionais exercem a sua actividade nas seguintes áreas:
- a)O Centro Regional de Investigação Pesqueira do Norte (CRIPN), competente na área compreendida entre a foz do rio Minho (fronteira) e Espinho, com sede em Matosinhos;
- b)O Centro Regional de Investigação Pesqueira do Centro (CRIPC), competente na área compreendida entre Espinho e Pedrógão, com sede em Aveiro;
- c)O Centro Regional de Investigação Pesqueira do Sul (CRIPS), competente na área compreendida entre o rio Mira e a foz do rio Guadiana (fronteira), com sede em Olhão.