O Conselho Nacional de Medicina Legal tem as seguintes competências:
- a)Emitir parecer sobre as reformas a empreender no sistema médico-legal ou que tenham implicações no seu funcionamento;
- b)Emitir parecer sobre os modelos de cooperação dos serviços médico-legais com outros serviços ou instituições;
- c)Dar parecer sobre o plano e o relatório anual de actividades do Instituto;
- d)Pronunciar-se, por iniciativa própria ou a pedido do presidente do conselho directivo, sobre os assuntos relacionados com as atribuições do Instituto;
- e)Elaborar recomendações no âmbito da actividade médico-legal;
- f)Designar um representante para o Conselho Nacional de Ética para as Ciências da Vida.