Sem prejuízo das competências que lhe sejam conferidas por lei, regulamento ou que nele sejam delegadas ou subdelegadas, compete ao Secretário-Geral do MNE, com faculdade de delegação:
a) Dirigir o CAPE;
b) Proceder à distribuição das tarefas pelos técnicos superiores, no contexto das atribuições dos diferentes serviços internos e organismos tutelados pelo MNE;
c) Designar os chefes de equipas multidisciplinares;
d) Avaliar o desempenho profissional dos técnicos superiores, em colaboração com os responsáveis dos órgãos ou serviços do MNE a que aqueles tenham prestado apoio relevante;
e) Representar o CAPE junto de outros serviços e de entidades nacionais, internacionais e estrangeiras.