1 -Ao Comandante da Flotilha compete:
a)Planear, organizar, dirigir e controlar as atividades da Flotilha;
b)Apoiar logística e administrativamente as forças, unidades e destacamentos operacionais;
c)Coordenar, controlar e inspecionar as atividades e funcionamento das esquadrilhas, dos agrupamentos de unidades operacionais, do CITAN e do CEOM;
d)Avaliar o nível de prontidão das forças, unidades e destacamentos e de desempenho das respetivas guarnições;
e)Propor as medidas que assegurem a articulação dos planos de aprontamento das forças, unidades e destacamentos com os planos operacionais aprovados;
f)Propor os padrões de prontidão que as unidades navais e outros meios operacionais devem satisfazer, bem como a sua atualização;
g)Aprovar os normativos e regular a atividade de treino e avaliação das forças e unidades operacionais atribuídas;
h)Estabelecer as regras e os procedimentos de certificação formal dos oficiais para o exercício das funções de oficial de quarto à ponte a bordo das unidades navais;
i)Homologar os resultados das ações de treino e avaliação efetuadas em submarinos, em unidades de mergulhadores, em helicópteros e outros meios aeronavais da Marinha e em unidades de abordagem;
j)Homologar os planos de treino e avaliação das várias classes de navios;
k)Propor a homologação das alterações aos padrões de prontidão propostos para cada classe de navios e para outros meios operacionais;
l)Homologar as alterações aos normativos e aos procedimentos de operação propostos para cada classe de navios e para outros meios operacionais;
m)Exercer as funções de autoridade de controlo das qualificações dos controladores de aeronaves, definindo os procedimentos de qualificação e procedendo à homologação da atribuição dos respetivos graus;
n)Supervisionar a atuação do Gabinete de Prevenção de Acidentes Aéreos;
o)Presidir ao Grupo Permanente de Análise de Acidentes Marítimos.
2 -O Comandante da Flotilha é um contra-almirante na direta dependência do Comandante Naval e desempenha, cumulativamente, as funções de 2.º Comandante Naval.
3 -O Comandante da Flotilha é coadjuvado e substituído, nas suas ausências, faltas e impedimentos, pelo 2.º Comandante da Flotilha.