1 -O IH tem por missão assegurar as atividades de investigação e desenvolvimento tecnológico relacionadas com as ciências e as técnicas do mar, tendo em vista a sua aplicação prioritária em operações militares navais, designadamente nas áreas da hidrografia, da cartografia hidrográfica, da segurança da navegação, da oceanografia e da defesa do meio marinho.
2 -O diretor-geral do IH é um contra-almirante, na direta dependência do CEMA.
3 -O diretor-geral do IH dispõe de autoridade técnica sobre todos os órgãos da Marinha nos domínios dos levantamentos hidrográficos e da cartografia hidrográfica e, no âmbito da sua competência, da segurança da navegação, dos métodos e material de navegação, da oceanografia física, da geologia marinha e da oceanografia química.
4 -A estrutura orgânica, as atribuições, as competências e o regime administrativo e financeiro do IH são estabelecidos por diploma próprio.