O CN tem por missão apoiar o exercício do comando por parte do CEMA, tendo em vista:
a) A preparação, o aprontamento e a sustentação das forças e meios da componente operacional do sistema de forças;
b) Garantir o cumprimento das missões que sejam atribuídas pelo CEMGFA à Marinha e de outras missões reguladas por legislação própria;
c) A análise, a experimentação, o desenvolvimento e a atualização das instruções, padrões e procedimentos táticos e operativos;
d) O exercício das funções de autoridade de controlo operacional de submarinos e de coordenador das áreas nacionais de exercício de submarinos.