1 -A DGAE é dirigida por um director-geral, coadjuvado por dois subdirectores-gerais, cargos de direcção superior de 1.º e 2.º graus, respectivamente.
2 -Junto da DGAE funcionam:
a)A Comissão Interministerial para os Assuntos Europeus;
b)A Comissão Interministerial de Limites e Bacias Hidrográficas Luso-Espanholas;
c)A Comissão Luso-Espanhola para a Cooperação Transfronteiriça.