A organização interna da DGEEC obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) Nas áreas de atividade relativas à prossecução de atribuições nos domínios da estatística e dos estudos sobre os sistemas educativo e científico e tecnológico é adotado o modelo de estrutura hierarquizada;
b) Nas áreas de actividade relativas ao desenvolvimento de projectos transversais relacionados com a inovação e o desenvolvimento de processos, o acompanhamento e monitorização das políticas da educação e ciência do MEC é adoptado o modelo de estrutura matricial.