À Direcção de Justiça e Disciplina (DJD) compete:
a) Estudar, propor e coordenar as medidas respeitantes à administração da justiça e disciplina e aos assuntos respeitantes a condecorações e louvores visando a uniformização de procedimentos;
b) Estudar, informar e accionar todos os processos, em matéria de justiça e disciplina, assegurando o controlo de toda actividade processual;
c) Organizar e informar os processos de condecorações e louvores nos termos dos respectivos regulamentos;
d) Analisar e consolidar os dados estatísticos e elementos de informação sobre assuntos relativos à justiça e disciplina;
e) Apoiar o comandante-geral em matéria de justiça e disciplina;
f) Apreciar e submeter a decisão do comandante-geral os processos relativos a infracções disciplinares ou quaisquer outros processos graciosos que a este compita decidir, bem como os relativos a acidentes em serviço;
g) Analisar e apresentar propostas de decisão ao comandante-geral sobre recursos hierárquicos que lhe são dirigidos e elaborar as pronúncias relativas aos recursos hierárquicos e contenciosos dirigidos à tutela;
h) Estudar, analisar e propor soluções para a resolução dos problemas decorrentes da responsabilidade civil, na sequência de procedimento disciplinar, e prestar a colaboração necessária ao Ministério Público na representação judicial do Estado, em matéria de indemnizações contenciosas daquela natureza;
i) Elaborar pedidos de indemnização civil junto dos tribunais e informações sobre custas judiciais e no âmbito do apoio judiciário;
j) Produzir informações com vista à aplicação de penas disciplinares da competência do comandante-geral e de natureza estatutária;
l) Apoiar, secretariar e fornecer ao Conselho de Ética, Deontologia e Disciplina os elementos indispensáveis ao seu funcionamento;
m) Assegurar o desenvolvimento de outras atribuições que, no âmbito das suas competências, lhe forem superiormente cometidas.