A organização interna dos serviços da SG obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
a) Nas áreas de actividade de apoio administrativo, apoio técnico-jurídico e de contencioso, de gestão de recursos e de informação, o modelo de estrutura hierarquizada;
b) Nas áreas da comunicação, da modernização e inovação e das políticas de qualidade transversais ao MS, o modelo de estrutura matricial, assente em equipas multidisciplinares.