Compete à Divisão dos Transportes Marítimos:
a) Proceder aos estudos necessários à conveniente elaboração e execução dos projectos de infra-estruturas portuárias;
b) Acompanhar a execução física e financeira das obras do sector dos transportes marítimos;
c) Acompanhar a exploração dos portos sob a jurisdição das entidades de gestão portuária;
d) Dar parecer sobre as tarifas e fretes dos transportes marítimos na Região, bem como controlar a aplicação das normas em vigor na matéria;
e) Acompanhar a fiscalização da exploração de embarcações que operem na Região;
f) Colaborar na preparação dos processos de concessão para a exploração do transporte marítimo de passageiros interilhas;
g) Organizar e efectuar a actualização do cadastro dos proprietários, armadores e afretadores, bem como dos agentes de navegação sediados na Região;
h) Apreciar e informar os requerimentos e reclamações relativos ao sector dos transportes marítimos;
i) Aplicar as normas legais respeitantes ao acesso e exercício da actividade de prestação de trabalho portuário;
j) Preparar e tratar estatísticas específicas sectoriais necessárias à integração e caracterização do sector dos transportes marítimos;
k) Propor candidaturas aos fundos comunitários na área dos transportes marítimos e acompanhar a sua execução;
l) Propor medidas de planeamento para os sectores dos transportes marítimos;
m) Assegurar a execução e o acompanhamento das acções, projectos e programas na área dos transportes marítimos;
n) Preparar, em colaboração com os demais órgãos internos e externos, o plano anual, os planos plurianuais e os planos e relatórios de actividades, na parte que respeita aos transportes marítimos;
o) Executar as demais acções que superiormente lhe sejam atribuídas.