O Secretário Regional do Mar e das Pescas exerce as suas competências nas seguintes matérias:
a) Oceanografia, pescas e aquicultura;
b) Valorização e preservação do meio marinho;
c) Ordenamento do espaço marinho até às 200 milhas marítimas;
d) Gestão das áreas marinhas protegidas;
e) Ordenamento e cogestão integrada com o Estado, do espaço marinho para além das 200 milhas marítimas;
f) Ordenamento e gestão das orlas costeiras;
g) Cooperação com a Autoridade Marítima;
h) Colaboração com a investigação científica marinha;
i) Inspeção de pescas.