1 -Para a prossecução dos seus objetivos a SRMCT dispõe dos seguintes órgãos e serviços:
a)Consultivos: Conselho Regional das Pescas (CRP);
b)Executivos centrais:
i)Gabinete de Planeamento (GP);
ii)Direção Regional de Pescas (DRP);
iii)Direção Regional dos Assuntos do Mar (DRAM);
iv)Direção Regional da Ciência e Tecnologia (DRCT).
c)De controlo, auditoria e fiscalização: Inspeção Regional das Pescas (IRP).
2 -Na dependência da SRMCT funciona o Fundo Regional para a Ciência e Tecnologia, organismo de coordenação e gestão no âmbito dos recursos financeiros disponibilizados para a investigação científica e desenvolvimento tecnológico, com personalidade jurídica e dotado de autonomia administrativa e financeira, cuja organização e funcionamento constam de diploma próprio.