Para o exercício das suas competências, o IAMA dispõe dos seguintes serviços:
1) Serviços de concepção e apoio:
a) Repartição dos Serviços Administrativos (RSA);
b) Gabinete Técnico (GT)
c) Direcção de Serviços de Organização e Gestão (DSOG);
2) Serviços operativos:
a) Direcção de Serviços de Mercados Agrícolas (DISMA);
b) Direcção de Serviços de Qualidade (DSQ);
3) Serviços externos:
a) Matadouro de São Miguel (MSM);
b) Serviço de Classificação de Leite de São Miguel (SERCLASM);
c) Delegações da Terceira (DTER) e do Faial (DFL).