Os departamentos do Governo Regional são os seguintes:
- a)Presidência do Governo Regional (PGR), que compreende o Secretário Regional da Presidência (SRP);
- b)Vice-Presidência do Governo Regional (VPGR), que compreende o Secretário Regional Adjunto do Vice-Presidente (SRAVP);
- c)Secretaria Regional da Educação e Ciência (SREC);
- d)Secretaria Regional da Habitação e Equipamentos (SRHE);
- e)Secretaria Regional da Economia (SRE);
- f)Secretaria Regional dos Assuntos Sociais (SRAS);
- g)Secretaria Regional da Agricultura e Florestas (SRAF);
- h)Secretaria Regional do Ambiente e do Mar (SRAM), que compreende o Subsecretário Regional das Pescas (SSRP).