Ao SCTM compete, designadamente:
- a)Promover e colaborar na definição de uma política para o sector;
- b)Propor e dar parecer sobre as tarifas e fretes dos transportes marítimos na Região, bem como controlar a aplicação das normas em vigor na matéria;
- c)Assegurar a fiscalização da exploração de embarcações que operem na Região;
- d)Efectuar a actualização do cadastro de proprietários, armadores, afretadores, bem como dos agentes de navegação sediados na Região.