A organização interna da CIG obedece ao seguinte modelo de estrutura mista:
- a)Nas áreas relativas à gestão de recursos, assuntos jurídicos, estudos e formação, comunicação, documentação e informação, relações internacionais e tráfico de seres humanos, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas relativas à gestão e apoio de projectos no âmbito da cidadania e igualdade de género, violência de género e doméstica, rede social e autarquias, o modelo de estrutura matricial.