A organização interna da DGCP obedece ao modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de atividade de planeamento, relações internacionais, cooperação, avaliação, controlo orçamental, gestão e apoio jurídico, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de atividade de estatística e avaliação de políticas, o modelo de estrutura matricial.