As direcções regionais exercem a sua actividade nas seguintes áreas:
- a)A Direcção Regional das Pescas e Aquicultura do Norte (DRPAN), competente na área compreendida entra a foz do rio Minho (fronteira) e Espinho, com sede em Matosinhos;
- b)A Direcção Regional das Pescas e Aquicultura do Centro (DRPAC), competente na área compreendida entre Espinho e Pedrógão, com sede em Aveiro;
- c)A Direcção Regional das Pescas e Aquicultura do Sul (DRPAS), competente na área compreendida entre o rio Mira e a foz do rio Guadiana (fronteira), com sede em Olhão.