A DSFCQA tem as competências constantes do n.º 6 do artigo 8.º do Decreto-Lei n.º 75/96, de 18 de Junho, e compreende as seguintes unidades orgânicas:
- a)Divisão de Fiscalização dos Produtos de Origem Vegetal;
- b)Divisão de Fiscalização dos Produtos de Origem Animal;
- c)Divisão de Ajudas à Produção e ao Rendimento.