Na directa dependência do secretário-geral funciona a DEAF, à qual compete:
- a)Analisar as contas mensais e anuais e a situação financeira dos OSC do MDN e emitir pareceres sobre os actos de gestão;
- b)Emitir pareceres sobre os relatórios de contas de organismos tutelados e ou integrados no MDN;
- c)Estudar, informar e emitir pareceres sobre processos de contencioso administrativo-financeiro no âmbito do MDN;
- d)Coordenar e dar tratamento adequado aos dados estatísticos produzidos pelo MDN;
- e)Assegurar a participação do sector da defesa nacional no Sistema Estatístico Nacional;
- f)Participar na elaboração de projectos de diplomas que tenham incidência financeira.