À Flotilha compete:
- a)Promover a definição e a actualização dos padrões de prontidão que as unidades navais e outros meios operacionais devem satisfazer;
- b)Assegurar ou promover o aprontamento das unidades navais e outros meios operacionais que lhe estejam atribuídos;
- c)Promover o apoio logístico e administrativo das unidades que lhe estejam atribuídas, ainda que executem missões sob o comando operacional de outras entidades;
- d)Assegurar o apoio às esquadrilhas nas áreas que transcendam as capacidades respectivas;
- e)Elaborar estudos sobre os tipos de unidades que lhe estejam atribuídas, propondo medidas que visem aumentar a sua eficiência;
- f)Promover a conservação e manutenção das infra-estruturas da Flotilha;
- g)Assegurar a inspecção das esquadrilhas e das unidades navais e de mergulhadores.