A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relacionadas com a prossecução das atribuições nos domínios do planeamento e gestão da rede escolar, do apoio pedagógico, da organização escolar, dos recursos humanos, materiais e financeiros e administração geral, do apoio jurídico e contencioso e do ensino particular, cooperativo e solidário, é adoptado o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas áreas de actividade de desenvolvimento de projectos transversais relacionados com o acompanhamento e apoio à implementação das diferentes ofertas educativas, do estudo e monitorização do processo de autonomia das escolas, da interligação e articulação dos diferentes intervenientes no processo de reordenamento da rede escolar e na modernização administrativa e dos sistemas de processos de trabalho, é adoptado o modelo de estrutura matricial;
- c)No domínio do apoio às escolas, o modelo de estrutura matricial, nos termos do artigo seguinte.